До Києво-Печерського монастиря його прийняв один із засновників обителі Антоній. Спостерігаючи, як руський першомонах молився за зцілення братії від різних недуг, Агапит намагався наслідувати преподобного. Через деякий час про нього дізнався увесь Київ. Коли одного з бояр князя Всеволода, якому відомий київський лікар-вірменин передбачив смерть, привели в Печерський монастир, Агапит, помолившись за нього, дав йому скуштувати зілля, яке він їв сам. Після зцілення слава про Агапита поширилася по всій Русі. Вірменин став докоряти святому й послав у монастир одного із колишніх засуджених, аби той перед святим випив отруту. Але коли монах дав йому скуштувати зілля, яке їв сам, то тим позбавив його від смерті. Сам блаженний випив отруту, але шкоди йому не сталося.
Після того в Чернігові захворів Володимир Мономах, якого усердно лікував вірменин. Але коли хвороба посилилася, князь попросив приїхати Агапита. Святий же відповів, що ніколи не покидає монастир, бо тоді доведеться їздити до кожного, хто попросить. Не переконавши святого відвідати князя, посланець попросив хоча б чудодійного зілля. І коли князь з’їв його, то одужав по молитвах блаженного.
Володимир Мономах хотів віддячити Агапиту подарунком. Але блаженний, не бажаючи слави, не взяв його. Принесене золото він віддав ігумену. Незабаром Мономах знову послав дари Агапиту, але посланцеві святий пояснив, що ніколи ні від кого нічого не брав. Чоловік все ж наполягав блаженному взяти дари, а якщо вони, мовляв, йому не потрібні, то він може їх роздати бідним. Аби втішити людину, святий узяв золото, але одразу виніс його із келії й викинув, а сам зник. Згодом це побачив боярин. Підібрав золото, віддав ігумену й остаточно зрозумів, що Агапит – справжній раб Божий. Тоді й князь Володимир Мономах став роздавати добро бідним.
Згодом Агапит захворів. Коли вірменин прийшов його провідати і запитав, чим він лікував хворих, святий відповів: «Тим, що Бог пошле». Світський лікар зробив висновок, що блаженний нічого не розуміє в медицині й передбачив йому через три дні смерть. Це образило святого, який сказав, що Бог призначає вік і що йому ще залишилося жити три місяці. Згодом важко хворому Агапитові принесли не менш хворого чоловіка, і святий не відмовився прийняти його. Пацієнтові він теж дав з’їсти своє зілля і тим допоміг зцілитися. А потім, як свідчить житіє про блаженного, святий розсердився, що він виявився тим же вірменином. Після того святий, як і передбачав, дійсно прожив три місяці. Лише тоді вірменин переконався, що Агапит був людиною від Бога. Ігумен постриг його в монахи, і вірменин надалі жив богоугодно.
